Τα χρόνια πέρασαν και η Σπιναλόγκα της απομόνωσης έχει γίνει σήμερα ο δεύτερος σε επισκεψιμότητα αρχαιολογικός χώρος της Κρήτης μετά από την Κνωσό και από τους πρώτους σε εισπράξεις.
Η αύξηση της επισκεψιμότητας καταγράφεται από τα επίσημα στοιχεία σύμφωνα με τα οποία, το 2016 επισκέφθηκαν τη Σπιναλόγκα 353.304 άτομα και το 2017 οι επισκέπτες ήταν 393.696
Στην περιοχή δραστηριοποιούνται δεκάδες επιχειρήσεις κρατώντας στην κρητική αυτή γωνιά νέους κυρίως ανθρώπους.
Η πρόσβαση στη Σπιναλόγκα γίνεται με τουριστικά σκάφη από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την πολύ κοντινή στο νησί Πλάκα καθώς και με ιδιωτικά πλωτά μέσα.
Τα δρομολόγια είναι καθημερινά και οι πληρότητες των πλοιαρίων πολύ υψηλές.
Η ιστορία της νησίδας πάνω στην οποία από την Ελληνιστική περίοδο υπήρχαν οχυρώσεις άρχισε να γράφεται από την εποχή της Ενετοκρατίας όταν και χτίστηκε εκεί ένα από τα πλέον ισχυρά κάστρα της εποχής.
Το 1715 με την κατάληψη από τους Τούρκους δημιουργείται ο πρώτος οικισμός. Κατά τα μέσα του 19ου αιώνα στη νησίδα συγκεντρώνεται μεγάλος αριθμός κατοίκων, στην πλειονότητά τους έμποροι και ναυτικοί, που επωφελούμενοι από την ασφάλεια του οχυρωμένου οικισμού εκμεταλλεύονται τους εμπορικούς δρόμους της Ανατολικής Μεσογείου.
Από το 1897 στο νησί και για περίπου ένα έτος στη Σπιναλόγκα εγκαταστάθηκαν γαλλικές στρατιωτικές δυνάμεις. Από την περίοδο της Κρητικής πολιτείας το νησί αλλάζει μορφή. Από το 1903 έως και το 1957 η ιστορία του είχε γραφτεί με το μελάνι του πόνου και με ιστορίες ανθρώπων που βίωναν τη βαριά για την εποχή ασθένεια καθώς είχε αναγνωρισθεί ως Διεθνές Λεπροκομείο.
Ενδεικτικό της απομόνωσης του νησιού είναι ότι κατά την περίοδο της γερμανικής και ιταλικής κατοχής της Κρήτης, πάνω σε αυτό δεν πάτησε η μπότα του κατακτητή και η παρακολούθηση του νησιού γινόταν από το κοντινό χωριό της Πλάκας.
Ωστόσο ακόμα και εκείνη την δύσκολη περίοδο μέσα από το νησί βγήκαν φωτεινά πρόσωπα που με το πνεύμα τους αντανακλούσαν και έστελναν το μήνυμα της ελπίδας.
Σήμερα η ιστορία της Σπιναλόγκας γράφεται ξανά με την ανάδειξη του κάστρου και του αρχαιολογικού της χώρου και μέσα από μια συντονισμένη αλλά δύσκολη προσπάθεια του υπουργείου Πολιτισμού και τοπικών φορέων που ξεκίνησε το 2007, να συμπεριληφθεί το νησί στον κατάλογο των Μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής κληρονομιάς της Unesko .
Αν ο στόχος επιτευχθεί η Σπιναλόγκα θα είναι το μοναδικό μνημείο της Κρήτης που θα συμπεριληφθεί σε αυτόν τον κατάλογο.